Музей-заповедник объединяет ряд уникальных памятников: музей-памятник защитникам перевалов Кавказа, квартал историчекой застройки г. Черкесска, Нижне-Архызский историко-археологичекий и архитектурный комплекс,

Хумаринское городище VII - VIII вв., Шаонинский храм Х в., Сентинский храм Х в. и комплекс Спасо-Преображенского монастыря, башня "Адиюх" и городище VII - VIII вв. и другие (всего 11 комплексов). Уникальны 5 крестово-купольных христианских храмов, а также остатки древних городов и коммуникационных линий, остатки астрономических сооружений X - XI вв.